合庫銀行多年挹注環保團體認養國有非公用邊際土地落實環境保護工作，共同守護生物多樣性，獲財政部國有財產署曾國基署長頒發感謝狀，達成實踐國土保育、穩健環團運作、綠色金融行庫與環境永續發展四贏局面。
合庫銀行分別與「社團法人台灣濕地保護聯盟」、「社團法人台灣黑面琵鷺保育學會」攜手認養臺南青鯤鯓鹽田濕地與頂山鹽灘濕地，除了維護濕地環境，進行生物棲地之監測及管理外，亦透過在地志工培訓、環境教育推廣、低碳行動及廢棄物資源化，促進資源與社區永續發展，同時參與復育臺南七股黑面琵鷺棲地、建置黑面琵鷺影像直播設備、維護頂山賞鳥亭與進行溼地植樹營造工作，致力以多元形式提升棲地存活要素，保護諸多瀕危或受脅物種，維護豐富的生物多樣性。
為提升環境永續推動成效，合庫表示，近年積極參與各類保育生態之行動，包括與國立中山大學及農業部水產試驗所澎湖漁業研究中心合作辦理「以碳中和為核心之海洋永續發展計畫」與「海草床復育計畫」，共同推展生態復育、海洋碳匯之重要任務，以具體行動落實環境永續。
面對全球暖化造成氣候變遷影響，合庫善盡環境保護責任，積極落實綠色營運、節約能資源、供應商管理、綠色債券、推廣環境教育及環保行動，永續成果豐碩，連2年榮獲環境部「國家企業環保獎」銀級獎之殊榮。
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