因是蔡英文農業政策的召集人，在林全組閣時擔任農委會副主委。參與社會運動的經濟學者進入官場，可有哪些地方感到為難？原本從農民健康保險、職業災害保險，聊到明年要推出的農業退休制度，又講農委會1,400億元的預算如何規劃使用，一路滔滔不絕的陳吉仲，往嘴裡丟了一顆潤喉的柚子蔘，悶著不說話，像田邊的青蛙似的。
他曾幾度想辭職，但還是留了下來。前環保署副署長詹順貴是他的好友，二人從反國光石化運動熟識至今。「我們對於人都沒有太多的算計，彼此可以看到熱情，又有溝通的議題，所以相知相惜。」詹順貴說，當第3天然氣接收站要蓋在桃園，二人嘗試一起做與公民團體對話的橋梁，也不時對各類議題發表意見。「那時我們被賴清德警告，我在環保署，應該只談環評問題，他（陳吉仲）在農委會，應該談藻礁保育問題，其他不是我們掌控的就不要談。我們就很有意見，開會出來互相安慰。」
