林健祥大刀闊斧改革，看在大哥眼中，以為優秀弟弟要回來搶家產，央求父親分家。當時林家另有1間賺錢的電子廠，「所有人都搶著要分電子廠，既然這樣公司我就自己搞，在分配持股時，我也要求切割乾淨。」分家後大姊、小弟拒當共同保人，最後是2位員工同意簽字，替公司背書，孤立無援的林健祥，接手初期曾二度瀕臨資金缺口，也是員工自發性湊錢，幫老闆度過難關。
1999年，電子廠因父兄不擅管理，宣布倒閉，父親林忠義打拚一輩子的5億元積蓄燒光，宣告破產，林健祥直言：「出事時銀行有來找我，但資金缺口達4億多元，我能幫的有限！」部分被倒帳的親戚股東跑到林家討債，他拿出千萬元存款幫忙，父母晚年也靠他奉養。
隔年，林健祥幫Snap-on用熱可塑橡膠開發軟硬料結合的工具機手把，「早期很多人想偷我們的技術，但料商自己都不懂，給錯資訊方向。我做出來的握把，保證用再久都不會剝落脫屑。」能解決他人無法克服的材料限制，加上產品生命週期長，宗瑋工業平均毛利達45％，直追台積電47％高毛利。