馬英九基金會去年邀請中國國手馬龍、楊倩等人來台交流，然而復旦大學女大生宋思瑤提及台灣在12強棒球賽奪冠時，竟致賀「中國台北隊」「一起為祖國努力」，引發輿論。對此，陸委會主委邱垂正當時稱，後續會進行「行政處分」，可能會要求主辦單位一段時間內不得再邀請相關團體到台灣交流，禁止期限從6個月至5年都有可能。
馬英九今（10日）前往移民署說明，受訪時表示，他希望藉此向賴清德政府喊話，別用政治力量與行政手段，阻斷兩岸青年交流的珍貴機會，這對兩岸的和平穩定不利，也不符合台灣民眾的利益。馬還稱宋思瑤脫口的說詞是中國大陸地區民眾普遍用語，相信大多數台灣民眾會相信宋並無惡意，而是真心恭喜我們棒球隊獲得世界冠軍。
「我相信賴清德總統也一定不會和一位20歲的大陸女同學錙銖必較，因此我希望賴政府能高抬貴手，不要處分馬英九基金會，否則將會產生不必要的寒蟬效應」，馬英九認為這會讓其他台灣民間單位不敢邀請中國大陸的團體來台，這樣會嚴重影響兩岸民間交流，對台灣並無好處。
